個人事業主が事業用の不動産を売却する際、経費としてどこまで計上できるのか迷う方は少なくありません。
売却にかかる費用の処理方法は、事業用資産か非事業用資産かによって大きく異なります。
この記事では、個人事業主が不動産売却時に直面する経費処理の実務フローを、仕訳例や計算表つきで詳しく解説します。
不動産を売却した利益は、原則として「譲渡所得」に分類されます。しかし個人事業主の場合、その不動産が事業用かどうかで税務処理が変わるため、所得区分の判定が最初のステップです。
所得税法では、不動産売却の利益は原則「譲渡所得」として申告します。事業所得として計上するのは、不動産業者が棚卸資産として保有する物件を販売した場合などに限られます。
個人事業主が事務所や店舗として使用していた不動産を売却する場合も、一般的には譲渡所得として申告します。ただし、減価償却費の計算方法や経費の取り扱いが、事業用と非事業用では異なります。
判定基準の目安は以下のとおりです。
譲渡所得の基本計算式は次のとおりです。
譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）− 特別控除
取得費には、購入代金のほか登録免許税や不動産取得税、購入時の仲介手数料なども含まれます。建物については減価償却費相当額を差し引いた金額が取得費となります。
また、所有期間が5年超なら長期譲渡所得（税率約20.315%）、5年以下なら短期譲渡所得（税率約39.63%）となり、税負担が大きく異なります。
売却の方法と費用の全体像については、売却の方法と費用の詳細はこちらをご覧ください。
個人事業主が不動産を売却した際に、譲渡費用として処理できる項目は多岐にわたります。以下の表で勘定科目と仕訳例を整理しました。
| 費用項目 | 勘定科目 | 仕訳例（税込） |
|---|---|---|
| 仲介手数料 | 支払手数料 | 支払手数料 660,000 ／ 普通預金 660,000 |
| 測量費用 | 支払手数料 または 雑費 | 支払手数料 350,000 ／ 普通預金 350,000 |
| 登記費用（抹消登記等） | 支払手数料 | 支払手数料 30,000 ／ 現金 30,000 |
| 印紙代 | 租税公課 | 租税公課 10,000 ／ 現金 10,000 |
| 建物解体費用 | 雑損失 または 固定資産除却損 | 固定資産除却損 1,500,000 ／ 普通預金 1,500,000 |
これらの費用は確定申告時に譲渡費用として取得費側に算入し、譲渡所得を計算する際に売却価格から差し引きます。事業の経費（必要経費）として事業所得から差し引くのではない点にご注意ください。
事業用建物を売却する場合、取得費の計算には減価償却費の累計額が影響します。帳簿価額（未償却残高）の算出方法は以下のとおりです。
帳簿価額 ＝ 取得価額 − 減価償却費の累計額
たとえば、取得価額2,000万円の事務所建物（木造・耐用年数22年）を10年間事業用に使用した場合、定額法での償却率は0.046です。年間の減価償却費は約92万円、10年間の累計は約920万円となり、帳簿価額は約1,080万円です。
この帳簿価額が売却時の取得費の基礎となるため、減価償却を多く計上している物件ほど譲渡所得が大きくなり、税負担が増える傾向にあります。
個人事業主の方で自宅と事務所を兼用しているケースは非常に多く、売却時の按分処理は実務上の大きなポイントです。
家事按分の計算方法は、一般的に次の2方式が認められています。
税務署が認めやすいのは面積按分です。事務所専用の部屋が明確に区分されている場合は、面積按分で50%程度まで認められるケースが多いとされています。
曖昧な区分では按分割合を否認されるリスクがあるため、間取り図や使用実態を示す資料を保管しておくことが重要です。
居住用財産を売却した場合に適用できる「3,000万円特別控除」は、自宅兼事務所の売却では居住用部分にのみ適用されます。
たとえば売却益が2,500万円、居住用割合が70%の場合、居住用部分の譲渡益1,750万円に対して特別控除が適用され、事業用部分の750万円には課税されます。
事業用割合が高いほど特別控除の恩恵が小さくなるため、按分割合の設定は慎重に行う必要があります。戸建ての売却に関する基本的な流れは、戸建て売却の流れと注意点もあわせてご確認ください。
個人事業主が事業用の不動産を売却する際、消費税の取り扱いは課税事業者か免税事業者かで大きく異なります。以下の3パターンで整理します。
課税事業者が事業用建物を売却すると、建物部分には消費税（税率10%）が課税されます。一方、土地の譲渡は消費税法上の非課税取引です。
たとえば事業用不動産を3,000万円（建物1,200万円・土地1,800万円）で売却した場合、建物部分の1,200万円に対して消費税120万円が発生します。
注意すべき点として、不動産売却の金額が大きいため、翌々年の課税売上高が1,000万円を超え、その後の課税事業者判定にも影響する可能性があります。
各パターンの違いを整理します。
| 事業者区分 | 建物への消費税 | 土地への消費税 | 申告時の注意点 |
|---|---|---|---|
| 課税事業者（原則課税） | 課税（10%） | 非課税 | 消費税申告書への記載が必要 |
| 課税事業者（簡易課税） | 課税（10%） | 非課税 | みなし仕入率（第6種：40%）を適用 |
| 免税事業者 | 不要 | 不要 | 売却額により翌々年から課税事業者になる場合あり |
簡易課税を選択している場合、不動産売却は第6種事業（みなし仕入率40%）に該当します。売却額が大きいと簡易課税が不利になるケースもあるため、事前のシミュレーションをおすすめします。
収益物件の売却と税務処理の詳細は、収益物件の売却についてはこちらをご参照ください。
不動産の売却で損失が出た場合、その損失を他の所得と相殺できるかどうかは、資産の種類と用途によって判断が分かれます。
損益通算の可否を判定するポイントは以下のとおりです。
たとえば事業用の事務所を1,500万円で取得し、800万円で売却した場合、譲渡損失700万円（概算）を事業所得と通算できる可能性があります。これにより所得税・住民税の負担を軽減できます。
青色申告を行っている個人事業主は、損益通算しきれなかった損失を翌年以降最大3年間繰り越すことができます。
繰越控除を利用するための条件は以下のとおりです。
売却損が数百万円に及ぶ場合、1年で通算しきれないことも多いため、この繰越控除の制度は大きな節税効果をもたらします。
札幌の不動産市場には、地価動向の二極化という特徴があります。売却のタイミングや判断に直結する情報ですので、事前に把握しておくことが大切です。
札幌市内では、地下鉄沿線やJR沿線の市街地エリアで地価が上昇傾向にある一方、郊外エリアでは横ばいから下落が見られます。
2026年の北海道の公示地価では、札幌市の商業地は前年比で約4〜6%の上昇が続いており、市街地エリアに事業用不動産を所有する方は譲渡益が出やすい状況です。
一方、郊外の事業用地では取得時より地価が下がっているケースもあり、売却損が発生する可能性があります。道内の他エリアも含め、売却前に直近の路線価や公示地価を確認することをおすすめします。
札幌の土地売却に関する詳細は、札幌の土地売却について詳しく見るをご覧ください。
不動産売却に伴う経費処理や確定申告に不安がある場合、以下の無料相談窓口を活用できます。
特に譲渡所得の計算や消費税の処理は複雑なため、売却金額が1,000万円を超える場合は税理士への事前相談を検討することをおすすめします。
不動産売却後の確定申告は、翌年の2月16日から3月15日までに行います。個人事業主の場合、通常の事業所得の申告に加えて譲渡所得の申告が必要です。
確定申告に必要な書類を以下にまとめます。
取得費の証明ができない場合は、売却価格の5%を概算取得費として計算することも認められていますが、実際の取得費より大幅に少なくなるため、購入時の契約書は大切に保管してください。
確定申告の流れを時系列で整理します。
e-Taxを利用する場合、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で譲渡所得の項目を選択し、画面の案内に沿って入力します。
青色申告決算書では、売却した事業用資産を「固定資産の減少」として記載し、帳簿上の除却処理を忘れずに行います。事業用資産の売却額が帳簿価額を上回る場合、差額は「事業主借」勘定で処理するのが一般的です。
A: 一般的には「面積按分」または「使用時間按分」の2つの方法があります。面積按分では、建物の総床面積に対する事業使用部分の面積割合で計算します。
たとえば100㎡のうち事務所が30㎡なら事業用割合は30%です。税務署では面積按分が認められやすく、事業専用の部屋が区分されていることが重要な判断材料となります。
A: 仲介手数料や測量費用は「譲渡費用」として、譲渡所得の計算時に売却価格から差し引くことができます。ただし、事業所得の必要経費として計上するのではなく、譲渡所得の計算上で控除する形になります。
勘定科目としては「支払手数料」が一般的で、確定申告書の「譲渡所得の内訳書」に記載して申告します。
A: 課税事業者が事業用の建物を売却した場合、建物部分には消費税（10%）が課税されます。ただし、土地の譲渡は消費税法上の非課税取引のため、消費税はかかりません。
免税事業者であれば建物部分も含めて消費税の納付義務はありませんが、売却金額によっては翌々年から課税事業者になる場合があります。
A: 事業用資産（事務所・店舗など）の売却で生じた譲渡損失は、多くの場合、事業所得や給与所得など他の所得と損益通算が可能です。
ただし、居住専用の不動産の譲渡損失は原則として損益通算が認められません。住宅ローン残高が売却価格を上回る場合など、一定の特例要件を満たすケースに限り通算が可能となります。
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